科技创新工程于2013年在农业农村部和财政部的大力支持下启动实施，分为试点期（2013-2015年）、全面推进期（2016-2020年）和跨越发展期（2021-2025年）三个阶段。目的是以机制创新撬动院所改革，以稳定支持增强创新能力，以重大成果驱动农业农村发展。科技创新工程是国家支持中国农业科学院长期稳定开展农业科技创新的重大举措，体现了国家对农业科技的高度重视。

十年来，中国农科院立足职能定位和优势特色，将科技创新工程作为“一号工程”，大胆深化内部改革，探索建立了紧密结合“四个面向”的三级学科体系，以科研团队为创新单元的科研组织模式，以稳定支持为核心的科研投入机制，以联合攻关为特征的重大任务机制，以科研产出为导向的绩效管理机制，以建设一流院所为目标的现代院所制度等“六大管理机制”，人才保障能力、平台支撑能力、科技创新引领能力、国际学术影响力等“四大创新能力”获得大幅提升。全院34个研究所300多个科研团队充分发挥农业科研国家队作用，潜心科研，持续攻关，取得了一批重大创新成果，科技创新活力得到激发，创新能力加快提升，现代院所制度逐步完善，发展速度大幅加快，发展水平跃上了新台阶，显著提升了国家战略科技力量的创新能力和水平。

对标总书记贺信精神和新时期历史使命，中国农科院提出实施“科技创新工程跃升计划”，聚焦“种子、耕地、生物安全、农机装备、绿色低碳、乡村发展”等国之大者，建设一批引领世界农业科技创新前沿的科学中心；聚焦事关“三农”发展全局的重大科技问题，整合科研团队打造系列产业专家团；聚焦农业农村主战场，打造一批支撑服务乡村振兴的区域中心。通过深化体制机制创新，持续提升创新能力，促进重大突破性科研成果产出，履行好引领支撑乡村振兴和农业强国建设的职责使命。