随着高通量测序技术的不断发展，上万种生物的全基因组DNA序列被测序完成。其基因组的注释主要基于预测软件和已知蛋白的同源搜索，不可避免地导致编码蛋白质基因的错误注释和丢失、假基因广泛存在。另外，由于缺少肽段等信息，大量基因被注释为未知功能或假设的蛋白质。蛋白质基因组（Proteogenomics）是一种利用蛋白质组学的相关数据对基因组进行注释校正的新方法，由于其结合了大量生物体蛋白质氨基酸信息，从而有力地弥补基因组上基因寻找和注释的不足。小菜蛾是一种世界性重要农业害虫，每年因小菜蛾造成的损失高达40亿–50亿美元。小菜蛾几乎对所有的杀虫剂均产生了不同程度的抗药性，包括微生物杀虫剂Bt。该团队利用鸟枪法高效液相色谱-电喷雾-质谱/质谱（shotgun HPLC-ESI-MS/MS）对小菜蛾幼虫中肠蛋白质进行测定，结合其基因组数据，完成了首个小菜蛾中肠蛋白质基因组分析。利用获得的小菜蛾BBMV蛋白质谱图，鉴定到了大量与小菜蛾杀虫剂抗性相关的蛋白质，同时，还纠正了小菜蛾的基因注释，鉴定了大量新基因以及新的基因剪切形式。
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