近日，中国农业科学院蔬菜花卉研究所蔬菜分子设计育种创新团队和茄科蔬菜育种创新团队，构建了野生和栽培辣椒高质量基因组，解析了辣椒的染色体核型、基因表达调控元件等的演化特征，发现了转座子驱动的结构变异和高频渐渗事件对辣椒重要性状形成的贡献。相关研究成果以封面论文的形式发表在《自然植物（Nature Plants）》上。

辣椒属包括5个栽培种和众多野生种，遗传多样性丰富，但演化路线尚不明确。该研究完成了11个辣椒基因组的高质量组装，2个基因组达到端粒无间隙水平。通过系统发育分析明确了辣椒属物种的演化关系，重建了辣椒属具有12对染色体的祖先核型。研究发现，不同辣椒基因组中转座子爆发事件的差异，不仅导致了大量的结构变异，促进了果实朝向、颜色等性状的多样性，还显著影响了调控元件的动态变化模式，为理解辣椒的基因表达调控变化提供了新视角。另外，研究还基于辣椒核心种质的深度重测序，构建了辣椒群体的单体型图谱，发现了辣味、病毒抗性等性状相关单体型片段的渐渗和分化。

该研究得到了国家自然科学基金、国家重点研发计划、中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。(通讯员 陈旭)

原文链接：https://www.nature.com/articles/s41477-025-01905-1