在1月11日上午举行的国家科学技术奖励大会上，我院主持的“中国北方冬小麦抗旱节水种质创新与新品种选育利用”、“中国农作物种质资源本底多样性和技术指标体系及应用”、“高效广适双价转基因抗虫棉——中棉所41”、“新兽药‘喹烯酮’的研制与产业化”、“南方红壤区旱地的肥力演变、调控技术及产品应用”、“都市型设施园艺栽培模式创新及关键技术研究与示范推广” 等6项成果获2009年度国家科技进步二等奖。这些成果有效填补了国内外空白，推广效果显著，取得了良好的经济和社会效益，为我院农业科技自主创新提供了强有力的技术支撑。
　　1．中国北方冬小麦抗旱节水种质创新与新品种选育利用
　　该成果由我院作物科学研究所景蕊莲研究员主持。通过研究，创立了国家标准《小麦抗旱性鉴定评价技术规范》，填补了国内外空白，被国家农作物品种审定委员会采用，并在全国广泛应用；发掘出15个国内外未见报道的抗旱节水主效QTL，创制出以我国抗旱耐瘠稳产广适应品种为背景的小麦DH群体及遗传连锁图谱，取得小麦抗旱节水分子标记研究原创性突破。
　　该成果将分子标记与常规技术相结合，创制出北方冬麦不同生态区的晋旱、长旱、洛旱、衡旱和西农旱五大系列抗旱节水优异种质39份；育成抗旱节水新品种33个(国审16个)，应用1.2亿亩，在我国小麦增产中发挥支柱作用。
　　2．中国农作物种质资源本底多样性和技术指标体系及应用
　　该项成果查清了农作物种质资源本底多样性，统一了10大类全国种质资源度量指标，研制了110种作物的15053个技术指标和336个技术规范，标准化整理和数字化表达了20万份种质。这些成果已应用于50多个国家项目，分发种质11.18万份次，其中有450份在育种生产中得到了有效利用,累计推广9.17亿亩,间接效益985.34亿元，为作物种质资源高效利用、保障粮食安全和农业可持续发展奠定了坚实基础。这项成果总体达到国际领先水平。
　　3．高效广适双价转基因抗虫棉——中棉所41
　　由我院棉花所育种室主任郭香墨研究员主持完成的高效广适双价转基因抗虫棉新品种——中棉所41，是将我国自主知识产权的Bt+CpTI双价基因，采用花粉管通道法转入常规棉品种中育成的。该品种产量比同类品种增产11.2％－14.1％，比美棉33B增产22%-25%；抗棉铃虫性强而持久，可减少棉铃虫70%－80%；抗枯萎病，耐黄萎病，耐干旱、盐碱；纤维品质优良。
　　该品种适应性好，自2002年审定以来累计种植3700万亩，增收节支超过65亿元。该品种在培育过程中，集成了促早栽培和防早衰、推荐决策施肥、害虫综合防治、种子精加工等技术，并将其组装为多媒体专家系统加以推广应用，使肥料利用率提高10％，霜前优质棉率增加10％－15％。全国20多家育种单位应用该品种为亲本，育成新品种（系、组合）54个，有力促进了我国转基因抗虫棉新品种的培育，推动了我国棉种产业化的发展。
　　4．新兽药“喹烯酮”的研制与产业化
　　该项目由我院兰州畜牧与兽药研究所赵荣材等完成。“喹烯酮”填补了国内外对高效、无毒、无残留兽用化学药物需求的空白，有利于安全性动物源食品生产，对于增强我国动物性食品的出口创汇能力，促进我国养殖业的健康持续发展，提高我国兽药自主研发的水平具有重大意义。2004年，科技部、商务部、质检总局、环保总局等四部门联合认定“喹烯酮”原药及预混剂为国家重点新产品，在我国畜牧养殖业中广泛推广使用。这是我国拥有的第一个自主知识产权的兽用化学药物饲料添加产品，也是我国建国以来第一个获得国家一类新兽药证书的兽用化学药物。
　　目前该产品在包括香港、台湾在内的33个省（市、区）的猪、鸡、鸭和水产动物上推广应用，部分产品已出口到东南亚国家，取得经济效益近300亿元，应用前景广阔。
　　5．南方红壤区旱地的肥力演变、调控技术及产品应用
　　该项目由我院环发所曾希柏研究员主持完成。项目以红壤区不同母质发育、不同利用类型旱地为对象，形成了适合红壤区旱地的高效利用模式，首次系统研究了同一生态条件下第四纪红土、花岗岩、紫色砂页岩3种母质发育旱地的肥力和作物产量演变规律，创造性地提出了不同母质发育旱地必须实行分类管理的新思路，构建了红壤区旱地改土培肥与生产力提升的综合调控技术体系。
　　项目组研制开发了8种不同配方的旱地作物专用复合肥、4种多功能调理型复合肥、4种红壤旱地调理剂。通过与企业合作，在湖南、江西、广西及广东等省区新建或改、扩建生产线10条，实现新增利润8000多万元；形成了7套高效种植模式，可使作物增产10%以上、亩增收节支80-120元，还可大幅度提升土壤有机质和氮磷钾含量；相关技术推广应用4666万亩，新增产值52.7亿元。
　　6．都市型设施园艺栽培模式创新及关键技术研究与示范推广
　　由我院环发所杨其长博士主持完成的这一项目，在都市型设施园艺关键技术领域取得了多项创新与突破，对设施园艺的技术进步和都市农业发展做出了重要的推进作用。该项目在国际上首次创立了甘薯“营养吸收根与块根根系功能分离”的创新栽培模式，成功实现了薯类作物的空中结薯、周年连续生产；在国际上率先提出了“垂直和斜面无土种植”方法，成功实现了垂直与斜面空间、建筑物表面的立体种植；发明了斜插式立柱、移动式管道等立体无土栽培技术，大大提高了空间利用率和光能利用率；在国际上率先进行了茄子、辣椒、西瓜等20多种果蔬的树式栽培，为作物单株高产潜力发掘研究和树式栽培技术的普及奠定了基础；首次发明了“多功能（MFT）水耕栽培”方法，解决了国际上水耕栽培系统果菜、叶菜不能兼用的技术难题；研制成功了营养液消毒、在线检测与控制系统，为水耕栽培技术的普及提供了重要的技术支撑。
　　项目组先后在北京、上海、天津等地建成了20多个综合示范基地，研究成果推广到寿光国际蔬菜科技博览会、小汤山国家农业园等国内外700多个知名农业园区和生产企业，实现经济效益12.7亿元。
　　此外，我院中国水稻研究所参与的“籼型系列优质香稻品种选育及应用”、作科所参与的“面包面条兼用型强筋小麦新品种济麦20号”、作科所与资划所共同参与的“吉林玉米丰产高效技术体系”和“玉米无公害生产关键技术研究与应用”、蔬菜花卉所和植保所共同参与的“南方蔬菜生产清洁化关键技术研究与应用”等5个项目也分获国家科技进步二等奖。
　　据悉，2009年度国家科学技术奖励共授奖374项（人）。其中，国家最高科学技术奖获得者2人；国家自然科学奖授奖项目28项，包括一等奖1项、二等奖27项；国家技术发明奖授奖项目55项，包括一等奖2项、二等奖53项；国家科学技术进步奖授奖项目282项，包括特等奖3项、一等奖17项、二等奖262项；授予7名外籍科学家中华人民共和国国际科学技术合作奖。