未来五年是我国发展现代农业、建设社会主义新农村和创新型国家的重要历史时期，也是建设国家农业科技创新体系、依靠自主创新发展农业科学技术的关键时期。实施“中国农业科学院‘十一五’科技自主创新行动计划”，是贯彻落实2005、2006 年中央一号文件精神、《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006～2020）》、《中华人民共和国国民经济和社会发展第十一个五年规划纲要》和2006年中央农村工作会议精神，组织实施《中国农业科学院“十一五”科学技术发展规划》，发展现代农业科学技术，支撑现代农业发展和社会主义新农村建设，提高我院自主创新能力和国际竞争力，努力实现“三个中心一个基地”战略目标的重要举措。
一、重要意义
（一）是发展现代农业科学技术体系、推进创新型国家建设的迫切需要
建设创新型国家，要求在农业方面不断加强原始性创新、集成创新和引进消化吸收再创新，在农业基础性工作、基础研究、应用基础研究、前沿高技术研究、共性关键技术研究、技术示范应用等方面进行系统部署和安排，建立现代农业科学技术体系。
（二）是支撑和服务“十一五”农业与农村经济工作的迫切需要
围绕粮食增产、农业增效、农民增收和社会主义新农村建设，实施农业部提出的“三大战略”和“九大行动”，是“十一五”期间我国农业与农村经济工作的战略与重点。因此，迫切需要依靠自主创新发展现代农业技术，提供农业科学技术公共产品与服务，提高农业综合生产能力。
（三）是迅速增强农业科技自主创新能力和国际竞争力，使农业科技率先跃居国际先进行列的迫切需要
《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006～2020）》提出“经过15年的努力，农业科技整体实力进入世界前列，促进农业综合生产能力的提高，有效保障国家食物安全。”，要求重点在种质资源收集挖掘利用与动植物新品种培育、重大农业生物灾害预防与控制、农业资源高效利用、农业环境控制与生态修复、农业信息技术与数字农业、农业工程技术与智能化装备、农产品质量安全与加工、生物质能源与新材料、农业经济与科技政策等体现国家重大需求和任务的优先领域与发展方向系统部署创新工作，抢占现代农业技术的制高点，取得一批具有自主知识产权的核心技术与突破性成果，推动农业科技水平整体进入国际先进行列。
（四）是新时期我院建设“三个中心一个基地”的迫切需要
建设一流的农业科技创新中心、农业科技产业孵化中心、农业科技国际合作与交流中心和农业科研高级人才培养基地，出发点和落脚点是要提高我院农业科学技术自主创新能力，夯实学科建设、人才与创新团队建设、基础设施与科研条件建设、管理制度与创新文化建设等基础，在优先领域、重点方向形成一批有优势的重点学科和突破性的重大成果，发展农业科学技术。
二、指导思想和创新目标
（一）指导思想
贯彻落实2005、2006年中央一号文件精神和《国家中长期科学和技术发展规划纲要
