科研人员根据烟草基因组重复序列含量较高和基因组较大等特点，通过Illumina第二代高通量测序技术，采用全基因组鸟枪法（WGS）结合构建细菌人工染色体（BAC to BAC）策略进行测序和组装工作。利用WGS策略构建不同长度的插入片段文库进行双末端测序和组装，同时选取一定基因组覆盖度的BAC克隆，对BAC克隆进行测序和组装，然后将两种数据结合进行深度组装，最终获得高质量烟草全基因组序列图谱，实现对单碱基的高深度重复测序，保证单碱基的高准确率。
经数据分析，获得绒毛状烟草和林烟草基因组大小均为2.4Gb，基因组常染色质区覆盖度达到95%以上，基因区覆盖度达到98%以上，获得的全基因组序列图谱（第一版）contig N50超过20kb，scaffold N50超过350kb，全面达到国际公认高质量精细图谱标准，居世界领先地位。根据目前工作基础，预计在年底前可获得序列图谱（第二版），预计scaffold N50将达到1M以上，较第一版图谱有显著提高。
绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱测序是中国烟草基因组计划的一部分。中国烟草基因组计划作为烟草行业的重大专项，于2010年12月启动，是中国烟草举全行业之力开展的重大科研攻关，由国家烟草基因研究中心、中国农业科学院烟草研究所、云南烟草农业科学研究院、贵州省烟草科研所、黑龙江省烟草科学研究所等单位为主体承担，汇集了国内外的权威专家，密切跟踪当前基因组学、生物信息学、遗传学等学科的前沿进展，本着对科学负责、对历史负责、对行业负责的态度，在烟草结构基因组学、功能基因组学和分子育种方面进行了整体规划和系统实施，保证从技术到系统全面居于世界领先水平。目前，重大专项已经在多个领域取得突破性进展和成果，烟草突变体库创制已达27万份并正在进行大规模鉴定和分析，烟草分子遗传图谱构建和重要突变基因定位克隆取得突破；根据第一版基因组图谱及多个样本的深度转录组测序的联合分析，对烟草主要代谢产物的合成代谢途径分析更加深入，对烟草减害具有十分重要的意义。接下来，科研人员将有序开展绒毛状烟草和林烟草的遗传图谱和物理图谱绘制，并启动大量四倍体栽培烟草的基因组测序工作。
绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱的完成，尤其是中国烟草基因组计划的实施，将对相关作物学科的发展起到积极的推动作用。（通讯员 魏磊）
