一、转企目标定位
按照《公司法》和现代企业制度要求，先将研究所转制为国有独资科技型企业（保留原有研究所名称）。研究所现有资产全部评估后进入该公司，在运行一段时间后，再改制为投资主体多元化的股份有限公司，即中国农业科学院茶叶研究所（有限公司）。
二、职能部门设置
1.办公室：负责公司工作计划的拟订、各部门工作的协调，承办文件收发、传递，上级文件和公司决定事项的督办，人力资源、档案、党务、监察和后勤保障等职能管理。
2.科技管理部：负责科技项目申报、实施和经费使用管理，知识产权管理；负责外事活动的组织与管理。
3.企业发展部：起草企业发展战略；负责企业形象宣传、产品广告策划和市场调研；联系下属子公司。
4.财务部：负责资金的筹集、运作、财务状况分析，编制公司年度财务预决算，公司资产管理，对下属公司的审计。
目前已完成职能部门的调整。
三、产业发展
1、独资公司：中国茶业科技有限公司
公司注册资本1500-2000万元。国有法人股51%-70%，由中国农业科学院茶叶研究所（有限公司）持有；职工股30%-49%，由自然人持有。主要从事茶叶的生产与经营；有机农产品认证；茶业技术服务、技术转让、技术培训、信息服务。
该公司下设两个控股子公司和一个分公司。控股公司分别为杭州龙冠实业有限公司，主要从事茶叶的生产与经营；（杭州）东方质量认证中心有限公司，主要从事有机农产品的认证。分公司为茶业科技服务公司，主要从事茶业技术服务、技术转让、技术培训、信息服务。
2、参股公司：浙江东方茶业科技有限公司
主要从事茶叶、茶籽深加工产品的生产与经营。
四、科技创新
以农业部茶叶化学工程重点实验室、国家茶树种质资源圃为主体设立。其主要任务是针对我国茶叶产业存在的关键科技问题开展研究，为我国茶叶产业发展提供科技储备；承担国家、部委和地方政府的茶叶科技项目；接受企业委托，解决其生产中需要解决的科技问题，开发新产品和新技术；开展国际合作与交流，承担多边、双边茶叶合作研究项目以及委托研究项目。
技术创新中心采取项目负责制的管理方式，创新中心的人员实行固定人员和流动人员相结合的方式，固定人员竞争上岗，流动人员采取双向选择制。
农业部茶叶质量监督检验测试中心。中心的任务是承担茶叶质量委托检测和农业部下达的茶叶质量抽检工作；茶叶产品质量标准、检测方法标准的制（修）订；认证中心认证产品的质量检测与跟踪监督。
五、2003年体制改革进度
1-2月，拟定转企实施方案。
3月，全面清理资产、债权、债务。
4-6月，资产评估；提出成立董事会、监事会建议。
5-7月，起草公司章程；公司名称申请预先核准。
7-9月，拟定下属子公司股权设置方案；向中国农科院申报股权与管理方案。
10月，申办企业国有资产产权登记，申领产权登记证。
11月，工商行政管理部门注册登记。
12月，申办企业代码证书，开立企业银行账户，办理税务开户登记。