2006年9月18日，教育在线网登载了中国管理科学研究院武书连、吕嘉、郭石林的《2006中国大学研究生院评价》。国内18所一流研究生院排名结果分晓，中国农科院研究生院以农学第一名连续五年蝉联中国一流研究生院。文章内容摘录如下：
　　“2006年度中国一流研究生院的标准与上三年相同，即：在中国研究生院评价中，获得工学前7名、理学前4名、医学前3名，农学前2名、管理学前3名、文学前3名、经济学前2名、法学前2名、历史学、教育学、哲学第1名的研究生院。中国一流研究生院各学科的入选数量根据各学科门的博士生导师数量和开设该学科的院校数量确定。”
　　“中国一流研究生院总数由上年的17所上升到今年的18所。在众多的科研机构中，中国科学院研究生院、中国农业科学院研究生院、中国医学科学院研究生院、中国社会科学院研究生院占有重要的位置，分别是理农医和人文社科的第一名。就高校和科研单位而言，一方面，高等学校因大量招收研究生，导致合格师资数量不足，导师用于指导研究生的时间太少。另一方面，我国的科研机构拥有众多合格师资，但每年的招生名额却比较少。因此，应充分挖掘社会稀缺的优质师资的潜力，加大科研单位招收研究生的数量，尽快使科研单位合资格师资人均指导研究生的数量与高等学校相同。”
　　文章指出“最近几年这些著名科研机构的研究生教育与大学相比所占分量逐年减少。一个突出的例证是以前公认的医学第一名中国医学科学院(中国协和医科大学)的医学已经落后于北京大学。另外，中国农业科学院在农学中的领先优势也在逐渐丧失。上年的法学第二名中国社会科学院被中国人民大学取代。只有中国科学院依然保持强劲的发展趋势。”据了解，我院在各项指标评估中主要是在国内外发表文章数量不多，尤其是在SCI上发表文章数量远远落后于中国农大。一方面是因为我们招收的研究生数量少，另一方面，中国农大对博士生必须在SCI上发表文章才能毕业有硬性要求，而我院对此没有明确规定。我院主要优势在科研成果和专利方面。如何提高我院论文发表数量和水平，还需全院科技人员和研究生的共同努力。

　　2006中国一流研究生院名单见下表。

　　中国一流研究生院名单(共18所)

　　《中国大学评价》课题组认为，通常情况下，在科研单位就读研究生，不仅能得到导师更多时间的指导，而且由于科研单位生师比较低，又没有本科教学工作量，导师和学生都可以全力投入科学研究，与大学相比较，更容易出成果。因此建议考生，虽然科研机构在研究生教育中的比重不高，但上述优势短期难以改变，如果有条件，应考虑到科研单位就读研究生。