一、改革目标
改革的目标是转制为现代科技型企业。初期改制为“中国农业科学院烟草研究所、中国烟草总公司青州烟草研究所有限责任公司”，待条件成熟后再行改制为股份有限公司上市。
二、职能体系设置
技术创新体系：以拟筹建的国家烟草改良中心为龙头，保留30～40名科研骨干力量，进行科技创新。（1）承担科技部、农业部、国家烟草专卖局等部门的科研任务，从事烟草遗传育种、生物技术、烟草化学、栽培调制技术、病虫害综合防治等高新技术研究和解决制约行业发展的关键技术研究；（2）研发具有良好市场前景、科技含量高的科技产品，为公司的发展提供科技支撑；（3）进一步拓宽研究领域，加大烟草工农业结合领域的研究，以卷烟配方、卷烟中试、原料仓储、原料前处理、烟用香精香料为重点进行拓展性研究和可物化成果的研制与开发。
产业发展体系：确定50～60名开发型人才,进行种子、肥料、农药、生物技术的产业化推广、技术咨询、技术服务以及房地产开发等；建立具有高科技含量的控（缓）释肥肥料厂、生物农药制品厂、原子能辐照中心、青岛国际合作交流中心、生物技术制品厂；在技术咨询与服务方面，将与各大烟草集团、烟草公司进行更紧密的技术合作，形成辐射范围广、优质高效的技术服务网络。
管理体系：设立股东会、董事会、监事会作为总公司的权力机构和监督机构。各子公司的管理机构和管理岗位的设置根据实际运作情况而定。
保障体系：后勤服务中心和试验场从研究所剥离，成立具有独立法人资格的有限责任公司，负责全所的后勤保障、房地产开发、离退休人员的管理和服务等。
三、国有资产处置
1、国家烟草种质资源中期库、农业部烟草质检中心等以及10万元以上的仪器设备转为公益性资产，由烟草所托管使用，不作为国有资本金注入公司。
2、托儿所、学校、医务室等非经营性资产也随之剥离，不作为国有资本金注入公司。
3、超过使用年限、损坏程度较大、已无法使用的资产等作为不良资产予以剥离处置。
4、其余国有资产进行政策性抵扣之后，作为国有资本金注入公司，资本金数额按资产评估、处置后实际额度计核。
四、股权设置
1、公司计划资本金总额为2000万元。中国农科院作为国有出资人代表，占有35%的股份；中国烟草总公司同为国有出资人代表，占25%股份；职工股20%；吸纳社会法人股20%，共同组建“中国农业科学院烟草研究所、中国烟草总公司青州烟草研究所有限责任公司”。
2、“青州市中烟科技服务有限责任公司”的股权设置为公司经理层占股份30%，公司中层人员占30%；一般职工占40%。
五、改革进展
1、已经成立了改革领导小组及办公室，进行了改革的宣传、动员、教育。
2、2003年3月上报了《中国农业科学院烟草研究所科技体制改革实施方案》。8月制定了《中国农业科学院烟草研究所、中国烟草总公司青州烟草研究所科技管理体制改革总体实施方案》，上报中国农业科学院和国家烟草专卖局。
3、资产清理工作于今年5月开始，固定资产和债权、债务的清理工作已于7月结束。
4、《中国农业科学院烟草研究所、中国烟草总公司青州烟草研究所有限责任公司》的公司章程、发起人协议书、股权设置方案、组织架构和法人治理结构的设置方案和《青州市中烟科技服务有限责任公司》的公司章程、发起人协议书、股权设置方案、组织架构和法人治理结构的设置方案已于8月底完成。
六、下步改革安排
1、“青州市中烟科技服务有限责任公司”与烟草所剥离并建立公司的工作提前运作，将在11月底前完成公司筹建工作。
2、企业名称报审，资产评估，验资，制定内部运行机制、内部人员分流、企业化运作、国有资产等管理办法，争取11月底前完成。
3、办理资产剥离，申办资产产权登记、划转，申办企业工商注册、企业代码，进行企业税务登记，开设企业银行账户等工作12月底前完成。
七、保障措施
1、完善行政职务和技术职务聘任制，实行全员劳动合同制。
2、对未聘的人员，采取在职培训、内部转岗、鼓励自谋职业、内退、交流等多种形式进行安置，并探索社会化安置方式。
3、对符合病退条件、经常接触有毒有害物质等特殊工种、聘干人员等，在自愿基础上，及时办理退休手续。现通过地方人事和劳动保险部门正在办理病退手续的职工11人。
4、在条件允许的情况下，建立退休补贴或补充养老金制度。
5、用好转制企业在税收、工商、土地使用、进出口权、国有资产管理、项目申报等方面的优惠政策，同时主动与上级和地方有关部门联系，争取更大的发展空间。