科研立项成绩斐然，占位优势显著增强。“十二五”期间，全院在基础研究科研立项工作方面取得了突出的成绩。共主持国家“973”计划项目15项，比“十一五”的7项翻了一番，其中农业领域10项，占本领域项目总数的22.7%。共组织申报国家自然科学基金各类项目5465项，获准立项1399项，经费总规模达到7.5亿元，五年期间申报数、立项数和总经费年均分别增长8%、9%和12%，申报总数和立项总数均比“十一五”翻了一番，立项数连续5年稳居全国农业类院校的首位。这些数据充分显示，“十二五”期间全院基础与应用基础研究的综合实力和竞争能力大幅增强，进一步巩固和强化了行业占位优势与学术影响力。
科研进展显著，取得一批世界水平的突破性研究成果。“十二五”期间，全院开展了多项原创性科学研究工作，取得了一系列重大发现，引领和推动了本领域学术进步。牵头完成了棉花、黄瓜、油菜、大白菜、马铃薯、谷子等重要农作物全基因组测序与遗传图谱构建，在水稻、小麦、大豆、玉米、番茄等基因组学和变异组学研究方面取得了重要发现，解析了禽流感病毒变异、水稻粒长调控和与病原菌互作、小麦多倍化杂种优势形成、黄瓜苦味调控、棉花-害虫-天敌互作机制、猪肌肉发育等的机理，“禽流感病毒进化、跨种感染及致病力分子机制研究”荣获2013年度国家自然科学二等奖，奠定了我国在相关领域参与国际竞争的有利地位。
院所协同出实招，多管齐下求实效。瞄准科技创新“顶天立地”的战略目标，院所协同联动，采取了一系列加强基础研究的重大举措。院里不断加强指导与服务，发布了《关于进一步加强农业基础研究工作的意见》，明确了加强基础研究工作的总体要求和重点任务，从资金配套与奖励、人员晋升、科技评价等方面明确了一系列激励政策。着力做好“973”计划项目和基金项目申报动员、培训和辅导提升工作，增强申报竞争力。组织实施“基础研究引导计划”，重点支持优秀中青年人才和科研团队开展基础研究工作，形成全院重点项目储备库以及“优青”、“杰青”后备人才队伍和“创新研究群体”后备团队。各研究所高度重视基础研究工作，在营造氛围、凝练选题、推荐申报、培育人才、培训交流、评价激励、绩效奖励等方面采取了一系列富有实效的工作措施，对推动基础研究工作加快发展起到了关键作用。
