麻类研究所2004年改革目标是：调整机构设置，发展壮大科技产业，加大行政管理改革力度，向市场要效益。
    该所打破事业单位建制，组建了新的机构：科技创新中心、产业开发机构及职能服务部门，岗位职数共计91个。创新中心分8个项目组，岗位职数30个；产业开发机构分7个事业部，岗位职数44个；职能服务部门岗位职数11个。
    一、职能部门人数减少，人员素质提高
    通过全所竞争上岗、全员聘用和领导干部交流轮岗，有6名处级领导实行了轮岗。改革后职能部门的人数由18人减到11人，实现了一人多岗，一人多职。改革前，职能部门有硕士1人、大学本科4人，平均年龄47.8岁；改革后有博士2人、硕士1人、大学本科5人，平均年龄37.5岁。
    二、创新力量得到集成，研究方向进行了调整
    研究所根据自身创新优势，确定了8个研究方向。以8名院二、三级岗位杰出人才为龙头，从70余名科技人员中遴选出30名科技骨干，形成了科技创新中心。
    各课题组有权决定课题的人、财、物的调配和收入的分配。创新中心运用已建成的几个国家麻类技术创新平台，以国家自然科学基金、863、973前期等项目为突破口，在继续争取国家重大项目的基础上，将研究方向转到为事业部提供具有源创性的可物化的新产品、新技术上，将立项原则从传统的研产销一体化转移到销研产一体化，从而使科研成为产业开发的坚实后盾。
    三、产业发展力量得到加强，政策更加优惠
    有30余名原长期从事科技工作的技术人员和辅助人员以及7名从行政岗位上分流出来的管理人员被充实到产业开发第一线。这些同志拥有相关的科技开发技能、项目经费和应用技术，也具有吃苦耐劳的精神和管理经验，将成为研究所产业开发的主要力量。
　各事业部有用人、用财和业务经营自主权。事业部的经理有权决定本部门其他成员绩效工资额。研究所对从事开发经营的各个事业部提供启动金和开办费。此外，各事业部从事开发经营活动所需的流动资金，研究所可以给予贷款或协助向银行申请贷款。
四、分配制度改革
　研究所高层管理人员和院二、三级岗位杰出人才实行年薪制；开发业绩突出并完成公司开发创收任务的事业部经理，除基本工资外，还可获得6万元的年绩效工资；其他员工实行基本工资、岗位工资、绩效工资和福利相结合的工资制度。
五、试行内退制度
　对距法定退休年龄5年以内的4名职工办理了内退手续。为了让这部分职工安心内退，支持研究所的改革工作，除发给基本工资、生活补贴、误餐费和享受其他福利以外，内退期间还可享受增加一级工资的待遇。
六、转制过程中存在的问题及建议
1、麻类作物有特殊性，建立支柱产业难度大
　麻类产品是我国的传统出口产品和劳动密集型产品，麻类产品战线长，麻类作物种植面积仅千万余亩，而且苎麻属无性繁殖作物，种子市场有其局限性。因此，建立支柱产业难度较大。
2、社会保障体系不健全
　由于一些配套措施跟不上或未能及时在地方贯彻落实，导致职工对转制存在畏惧心理。湖南省目前只启动了企业单位的社会养老保险，尚未将事业单位（全额拨款）的养老保险纳入社会统筹。因此麻类所转制为科技型企业后，需向当地社会保险机构缴纳巨额养老保险费后，方能入保。请上级部门予以关注并帮助解决。
3、历史负担沉重
　研究所现有农工的比例几乎占在职职工的一半，这部分人在企业转制中难以发挥作用，给转制工作造成较大困难。因此，必须在上级部门的帮助下，通过制定切实可行的人员分流办法，才能达到精减富余人员的目的。